С 2001 года город Королёв живет в новом статусе «Наукоград Российской Федерации». В 2006 году завершена реализация первой с момента присвоения городу статуса наукограда пятилетней «Программы (основных направлений) развития города Королёва как наукограда Российской Федерации на 2002-2006 годы», которая была утверждена Указом Президента Российской Федерации от 16.09.2002 № 987.
С 2007 года финансирование мероприятий по развитию города как наукограда осуществляется в рамках «Программы комплексного социально — экономического развития муниципального образования „Город Королёв Московской области“ как наукограда Российской Федерации на период 2007 — 2011 годы». Основной целью этой Программы является создание условий для формирования эффективной экономики инновационного типа, обладающей долгосрочным потенциалом динамичного роста, способной обеспечить последовательное повышение уровня и качества жизни населения города Королёва, эффективное воспроизводство и модернизацию научно-производственного потенциала, обеспечивающего темпы роста экономики города на уровне 6-8% в год.
Для достижения данной цели должны быть решены следующие основные задачи:
Средства, которые город получает по наукоградской программе, уже несколько лет эффективно вкладываются в развитие города и его научно-промышленного комплекса: поддержка инновационных проектов, укрепление базы образовательных учреждений, приобретение современного медицинского оборудования для больниц и поликлиник, модернизация предприятий жилищно-коммунального хозяйства, развитие дорожной и транспортной систем и многое другое.